یکی از رایج ترین شیوه های تربیت دانشجوی دکتری در کشورهای برتر علمی، دوره دکتری "پژوهش محور" است. در این دوره، سعی می‌شود دانشجوی به جای وابستگی به دانش استاد راهنما؛ به دانشمندی مستقل با توانایی تولید علم تبدیل شود.

به طور کلی دو مدل رایج تربیت دانشجوی دوره دکتری در دنیا شامل مدل درس‌محور (course based) و پژوهش‌محور (research based)است. البته در ایران تنها به دوره درس محوری اهمیت فراوان داده می شود. فی الواقع به دلیل عدم استفاده دوره پژوهش محوری در کشورمان، وزارت علوم اقدام به درج کد رشته های این دوره در آزمون نیمه متمرکز سال 90 کرد.

دوره درس محور

در دوره درس محور، دانشجو ملزم به گذراندن تعدادی از واحد دروس است. ممکن است در این دوره دروس تکراری باشند یا درس هایی ارائه شوند که به درد نخورند و یا درس هایی که نیاز آینده دانشجوست، ارائه نشود. اما به طور کلی دانشجو باید شیوه درس محوری را بگذارند و در آخر یک پایان نامه ارائه دهد.

دوره پژوهش محور

 در دوره‌های دکتری پژوهش‌محور (research based) دانشجو پس از انتخاب استاد راهنما و موضوع رساله دوره‌ای سه تا 6 ساله را می‌گذراند. در این مدت به تشخیص استاد راهنما یا نیاز دانشجو، دروسی به صورت پراکنده و سازمان‌نیافته و در راستای عنوان رساله گذرانده می‌شود و در نهایت از رساله دفاع می‌شود. دوره های دکتری پژوهش‌محور در کشورمان به عنوان دوره‌هایی «تقاضامحور» شناخته می‌شوند که آموزش و تربیت دانشجوی دکتری و رساله دکتری دانشجو در آنها منطبق بر نیاز ملموس صنعت صورت می‌گیرد.

دوره‌های دکتری پژوهش‌محور از این جهت باعث تقویت ارتباط صنعت و دانشگاه می‌شوند که دانشجوی دکتری پژوهش‌محور، تحصیل خود را با پروژه‌ای شروع می‌کند که مربوط به نیاز یکی از صنایع یا یکی از دستگاه‌ها است و این نیاز به عنوان موضوع رساله دانشجو قرار می‌گیرد. بنابراین دوره دکتری پژوهش‌محور یک دوره تحصیلی تقاضامحور می‌شود که دانشجو در آن با یک موضوع جدی و واقعی درگیر شده و علاوه بر بالا رفتن سطح علمی کشور نیازی نیز از جامعه برطرف می‌شود.

اگرچه در برخی کشورها همچون هلند پیش‌شرط‌هایی برای دفاع از رساله وجود دارد که معمولاً مربوط به چاپ تعداد حداقلی از مقالات علمی با استفاده از رساله است. در این نظام، فراغت از تحصیل به معنای آن است که فرد از دانشجوی وابسته به علم استاد راهنما به دانشمندی مستقل با توانایی تولید علم مبدل می‌شودجدول ذیل که برداشتی از مرور ساختاریافته مدل‌های مختلف آموزش دکترای تخصصی در 10 کشور برتر دنیا است برگرفته از مقاله «رویکرد تحول‌گرایانه به نظام آموزش دکترای تخصصی در کشور؛ مرور ساختاریافته مدل‌های آموزشی دانشگاه‌های برتر دنیا» نوشته بهنام صادقی‌راد، علی اکبر حق‌دوست، مجید فصیحی هرندی و آزاده روح‌الامینی از پژوهشگران دانشگاه علوم پزشکی کرمان است، شرایط پذیرش و نحوه ارزیابی دوره‌های دکتری «آموزش‌محور» و «پژوهش‌محور» در کشورهای برتر علمی دنیا را نشان داده می شود.